乗り継ぎ便とは

目的地まで行くのに便名が変わる（機材も変わる）ものを言います。

欧州の場合、これには二種類あって、日本から欧州の主要都市に一度飛んで、
そこからさらに飛ぶ。大抵は同じエアラインの機材、今はアライアンス全盛なので、
その時と同じ会社の便名が付いているが、運行は提携先であることも多い。

もう一つは、アジア便で、ソウル、台北、北京、上海、香港、バンコク、
シンガポールなど、さらに最近は中東経由も多い。こちらの場合は、
中継地点から先を破棄（キャンセルってこのことですよね）すると、そもそも
目的地に辿り着けなくなります。しかし、価格の上ではこちらのほうが安い。

就航都市で共通するのは、全て大都市、大抵はその国の首都か、経済の中心地です。

>格安便には乗り継ぎの航空券が多いので

アジア経由ならそうかな、という程度ですが、必ずしもそうではない。
今でもあるかは知りませんが、昔、アリタリアが、イタリア以外に乗り継ぐのなら
安くするという料金設定がありました。この場合は、ローマやミラノで途中下車が
できないのです。

アジア便での”キャンセル”は、欧州行くのが目的ならばあり得ないので、
これは除外。

実は、質問の意図がよく見えないのです。直行便が就航している都市だけに行くのならば
単純往復にすれば良いし、その都市ともう1都市ならば、往路と復路とを別にすれば
良いのです。もしかしたら、オンライン予約のシステムで単純往復以外の予約が入らない
のか。あり得なくもないのですが（実際あります）、オーブンジョー（到着都市と
出発都市とが異なる）にすると劇的に高くなってしまったのでしょうか？

しかし、単純往復ならば、必ず、日本からの就航地に戻ります。その時、途中下車
すれば良いこと。何も捨てることはない。

私も、単にオープンジョーを知らないためかな？と思いました。考えられるのは、
NRT-MUC-MXPとミュンヘン経由でミラノに行きたい。ついでに、チューリッヒにも
寄りたいので、MXP-MUCを破棄して、陸路チューリッヒ。さらに陸路でミュンヘン
に行きたいとか。

これならすでに回答が出ているように、NRT-MUC-MXP ZRH-MUC-NRTにすれば良いだけ
です。

なお、途中下車は、正しくは途中降機です。