でしょうね

>また、エミレーツだと、成田～ドバイは通常の格安航空券、ドバイ～マドリードかパリは
>社員割引のチケットで行くより、成田～ドバイ～マドリードかパリ全部を通常の
>格安航空券で買った方が安いのではとも思っています。

社員割引が1-2万円とかなら別でしょうが。
良く、旅行代理店勤務者、またはその同行者が数万円で欧州まで行けるある種のキックバック
がありますが、その程度なら安いのではないでしょうか。

>成田～ドバイを買う場合、海外発券の航空券の方が

良く理解できないのですが、成田からドバイまでを海外発券することは可能ですが、
価格は日本発券の価格と同じか、それ以上。例えば、中点、バンコクなどまで行って、
バンコク-ドバイを買うというのは海外発券になりますが、日本に就航していない
エアラインに乗りたいとか、ファーストに安く乗りたいとかの理由でもない限り、
経済的理由のみでやることには意味がないと思います（却って高くなる）。

裏技として、日本から近い都市からドバイ経由で飛ぶ。例えば香港とかから。
でもそれも香港までの旅費が掛かります。

それにエミレーツって、ドバイに深夜着で、欧州行きが出るのが8時以降。
EK141 DXB 0750 MAD 1345 は遠い分、少し早いのですが、大差ない。
凄くきついので、余程安いとか上級クラスに安く乗れるのでもない限り
（社員割引きでこれが可能ならば話は別）、欧州行きには私は避けます。
ドバイだけなら、香港からCXで行けば20時40分に着けるし。

良くわからないのが、
>また、ドバイから、マドリードかパリ便の空席がない場合は1～2日位なら、
>ドバイに留まって

日本から通しの航空券では、それは不可です。往路予約ができていないと通常は発券
されません。NRT-DXB DXB-MADを分けて買う場合も、DXB-MADの予約ができていること
が前提です。復路の場合は、オープンという形で発券可能でしょうが、完全FIXよりも
価格は上昇するはずです。

また、9月が大型連休になってからは、8月の高い時期を避けて9月に行く人が増えたために、
今は、価格のピークが9月中旬にもあるはずです。