直行便、ありますよ

まあ日本のどの空港から乗るかによりますが
成田だったらルフトハンザのミュンヒェン行きが出ています。

値段は時期によって違いますが、ルフトハンザのサイトで調べてみてください。

http://www.lufthansa.com/jp/ja/Homepage

オクトーバーフェストの時期は、ミュンヒェンのホテルの値段が跳ね上がります。
それもホテル検索サイトで調べてみてください。

http://www.hrs.de/web3/

上記はドイツのホテル予約会社なので、ドイツ国内のホテルを多く扱っていると思います。