エアトレインはＬＩＲＲジャマイカ駅の南口直結の高架駅、地下鉄駅は北口地下です。

詳細はM3さんのお書きになった通りで、わざわざ補足するのも失礼かとも思いますが、若干位置関係の補足をさせていただきます。

エアトレインは行き止まりの形で高架のジャマイカ駅に到着しますので、改札はその突き当たり方向だとお考えください。

改札の先のロビーを進んで左に９０度曲がった方向に連絡通路が伸びます。
その方向に進んでいくと、ＬＩＲＲの駅の表示が見えるでしょう。
このＬＩＲＲの駅と線路の上を越えて、さらに進んでいくと、地下鉄駅に降りていくエレベーターなどの標識が見えますから、そこから地下に降りていきます。

なお地下鉄駅の駅名表示は「Sutphin Boulevard/Archer Avenue/JFK Airport」です。

簡単に言うと、地上を走るＬＩＲＲのジャマイカ駅南口にエアトレインの高架駅があって、列車が西側から到着します。
一方、ＬＩＲＲ駅の北側に沿って地下鉄が走っています。
ＬＩＲＲ駅の上のコンコースを越えて反対側の地下鉄駅に向かうわけです。
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