今はPRAHA HL.N(プラハ本駅)だと思います

>ウィーンからの電車でプラハだったら、ホレショヴィッツ駅では？
>本駅に泊まる電車もあるのかもしれませんが。

ウイーンやベルリンなどへ発着する列車は、以前は、主にホレショヴィッツ駅だったと思います。
ただ、今年の春の時点で、ウイーン方面発着は、SC(ペンドリーノ型の高速列車)も含め、PRAHA HL.N(プラハ本駅)発着となっています。恐らく、ベルリンへ行く列車も、ホレショヴィッツ駅に止まるとは思いますが、プラハ本駅発や停車に変わってきていると思います。

全ては確認していませんが、国際線発着のメイン駅は、プラハ本駅へ移ってきているのではないかと思います。プラハ本駅は改修が進み、切符売り場、コインロッカー、ショップなども新しくなっています。有料のトイレ、シャワーなども新しくなっています。ホレショヴィッツ駅は昔のままのうらぶれた駅の感じです。

駅としては、プラハ本駅の方が便利です。元投稿者の方が、プラハに宿泊されるなら、ご予算にもよりますが、本駅から歩けるホテルもあります。今年の春、早朝(5時台)の列車で、プラハからウイーンへ向かいましたので、ヴァーツラフ広場とプラハ本駅の間、本駅から歩いて4分程度の4っ星ホテルに泊まりました。

本駅から、トラム(14番)で2駅ほど移動した共和国広場周辺には、3っ星～5っ星までホテルが沢山あります。共和国広場周辺なら、観光も旧市街広場まで歩けますので、夜遅くまで街歩きも楽しめます。新しくできた大型ショッピングセンターや旧国営デパートなどもあり、買い物も徒歩で楽しめます。
また、ヴァーツラフ広場周辺のホテルも、地下鉄で1駅で(歩いても7-8分の距離で、私は何時も歩いていますが)、こちらも旧市街広場まで歩けますし、旧市街観光には便利ですし、夜遅くまで、観光客が沢山いますので、ビヤホールも近くに多く、飲食にはとても便利です。

参考までに。