スイスでもパスポートを見せないと搭乗口には行けません。

フランクフルトで出入国手続きをしますが、スイスでもパスポートを
見せるカウンターはあります。
到着も、出発時も。
（ただ、見せるだけですから、問題はありませんが・・・）

宿泊ホテルからまっすぐ、空港に行って、普通にチェックインするほうがいいでしょう。
駅で、チェックインする時間が、もったいないです。
（もちろん、出来ますが・・・・）
ルフトハンザも、スターアライアンスのメンバーですから、
チューリッヒ空港では、ターミナル１のスイス・インターナショナルのカウンターで
チェックインします。
（Ｅチケットならば、今は自分で機械でチェックインする方法です）
分からなければ、近くに係員が居ますから、尋ねれば、教えてくれます。