エールフランスHPにて航空券購入　同条件でも人数によって金額違うのは？

たぶん予約クラス別残席数の違いでしょう

　タイトルのとおりです。
　特段不振な動き、何かの障害ということではないでしょう。
　別々に予約をとった場合の“不都合”ですが普通に運行される分には特段無いと思います。チェックインもWebチェックインの操作をそれぞれやらねばならない程度です。空港のカウンターで行う場合や荷物預けはお二人いっしょに行けばよいですし。
　航空会社のサイトでの購入で購入時に座席の指定を行う際、1台のPCで順に行う場合は運が（かなり）悪いと並び席をとれないなんてことがあるかもしれませんが。。。

良くあること

>人数が多くなるほど１人分の金額は高くなるようです。なぜでしょうか。

多分、安いの以外残席1

>１人の方が安いので、２人一括で購入分、

一名買った時点で、今度は値段が変わります。

このようなことは良くあることです。

ホテルもしかりで、航空券では少ないが、
ありえなくもないのは、安い料金残席1だとして、2名でかおうとすると 、
2名分が高い料金に移行すること。欧州の夜行列車などではこれになります。
一部屋や、ベッド数できまるので、一人を別の部屋のしない限り、全員の分が
高い料金まで引き上げられます。

予約を別々にとるのも良くあることですが、購入者がその内容をきちんと把握すること。
一緒なら、一蓮托生で、記録が一緒に出るため、Webチェックインも同時にできたりしますが、
別々だと、エアラインも機械（エアラインコンピューター）も全くの赤の他人とみなすので、
それを忘れないこと。まあ、気にする必要もないことですが、つい最近も、私と妻が別々の
予約をしていて、短距離だったのですが、ファーストのある機材が使われていて、迷わずその
席を選びました。しかし、最近、機材変更にために席が変わったと連絡があり、互いに遠く離れた席に
飛ばされていました。別々に、ログインして、手動で、隣通しに配置し直しました。さらに、稀ですが、
アップグレードも一人だけとかもあり得ます。

予約クラスは、同じ階級の中での階層の違いといえば良いのか。
マイル加算基準とか、変更とかの違いがありますが、一番の違いは価格。
上に上がれば、加算率も、自由度も上がり、上記のような航空会社側の都合による
変更にも、有利な対応が期待できます。

予約クラスNとして販売する分が残り1枚。

2枚目がそれより高い予約クラスRになるという結果ではと推測します。空席さえあれば座席指定は隣席に指定できます。
解約や便変更の条件がRとNで違ってくると想像しますが読めていません。
因みに旅程を2日前倒しになさるとお二人で10,2000円も安いですがご都合がそうもいかないのでしょうね。