メリダは小さな町です。

メリダ市内にあるローマ時代の遺跡跡を全て周りたい！
などでなければ３時間もあれば随分と周れるはずです。
（ローマ遺跡がセットになったお得なチケットもありますが、
こちらは滞在時間を考慮して購入されるといいと思います）
ただ遺跡の場所が意外に離れている印象があったので、
タクシーを使えばローマ遺跡をコンプリートできるかもしれません。

私はイベリア半島間の国際バスに何回か乗ったことがありますが
30分前までにチェックインしなくてはいけない…というのは初めて聞きました。
斎藤。さんがコピペされた英語によれば、発車10分前に切符を買って
バスの運転手にパスポートを見せて…とありますので、大丈夫だと思いますよ☆
メリダでどのくらいの人が国際バスでポルトガルに入国するのか想像つきませんが、
おそらく時期的には混んでないように思います。
（ひょっとすると、リスボンで６月中旬頃に開催される
サン・アントニオ祭をめがけての移動であれば
多少は混んでいるのかもしれませんが…）

切符売り場の混み具合ですが、アンダルシアやマドリッド、バルセロナなどの人気観光地以外の
バスターミナルはどこもゆったりした印象がありますから、
メリダのバスターミナルも（国際バスの切符売り場でも）そんなに混んでないと思いますよ。

もしメリダのバスターミナルが激混みで切符が買えなかった場合
（って、そんなことはまずないでしょうけど…笑）
メリダからバスでバダホスまで行けば国際バス＆鉄道での国境越えに加え
タクシーでポルトガルサイドのエルヴァスまで越える…などいろんな手段が使えますから、
万が一のときのために覚えておかれるとよろしいかと。

P.S.
私もこの５月末～６月中旬まで、ポルトガルに行きます。
どこかですれ違うかもしれませんね♪