お勧めYH

美術・博物館に余り興味がなければ、べネチアは１泊でもいいかと。夜行なので、連泊して朝発と同じ日程となります。
ドナウ上りは時間がかかるので所要時間はメルクからと変わりません。ただ、リンツ行きローカル線の列車は少ないので注意です。

レーゲンスブルクカットでも可ならリンツからザルツブルク経由ミュンヘンがいいかと。
フユッセン連泊が可能になります。

スイスへはロイテからのルートを勧めたのはドイツ最高峰のツークシュピッツエなどドイツアルプスの峰々が右車窓にずっと続き、ガルミッシュ～インスブルック間のアルプス越え路線(欧州車窓展望ベスト１０)やインスブルックからスイス国境までのチロル・アルプスの車窓と合わせると、ベルニナ急行に劣らない絶景だからです。

フュッセン～ロイテのバスは朝９時、１３時ころなど４本以上あります。バス停はフュッセン駅前のヨーロッパバス停と同じでわかりやすいです。前日までの時間のチェックを。

スイスではベルニナ急行、グリンデルヴァルト、ツエルマットの３ヶ所が必訪と思いますが、ツエルマットは遠いので、チューリヒの代わりにグリンデルをお勧めしました。チューリヒ→ベルン、グリンデル泊、ルツエルン、チューリヒ、サンモリッツのルートがいいかと。

鉄道パスは４国のセレクトパスでもいいかと。

ルート上のお勧めYHはウイーン・シュロスヘルベルゲYH(眼下にウイーン一望、夜景最高)、ミッテンヴァルトYH(ガルミッシュ～インスブルック間。お花畑の中にあり、周囲３６０度がアルプス)、グリンデルヴァルトYH(アイガー一望)です。

フュッセンからチューリヒへはボーデン湖経由より若干時間がかかるだけなので、ぜひこのルートをお勧めします。