カナダ滞在を含めて90日以内

のはずです。過去にも同じようなトピはあったと思いますが、こちらのＨＰを参照してください。
ttp://tokyo.usembassy.gov/j/visa/tvisaj-waiver.html
このページの下の方に、こうあります。
『ビザ免除プログラムによる米国通過：ビザ免除プログラムの条件を満たしている方は、ビザ無しで米国を通過することもできますが、ESTA渡航認証およびI-94Wが必要です。米国を通過してカナダ、メキシコ、近隣諸島に旅行する場合は、通過およびカナダ、メキシコ、近隣諸島での滞在を含む全期間が90日を超えないことを条件に、交通手段を問わず帰路米国に再入国することができます..　』

以下は、私の理解内容です。
つまり、たとえ乗り継ぎであろうとも、ひとたびアメリカ入国手続きをすると、その日から90日以内に出国手続きをしないといけません。また、上記文中に“カナダ、メキシコ、近隣諸島以外の国に行くために米国を通過し、帰路米国に再度入国する場合は、ビザ免除協定会社の飛行機や船を利用しなければなりませんが、90日以内である必要はありません。”とありますが、これは最初からカナダが目的地で、アメリカがトランジット利用のみであれば、アメリカ出入国日は関係ないということで、アメリカにある程度滞在するのであれば、これは適応外でしょう。　

なお、アメリカからカナダへの移動の際に出国手続きすれば問題ないという意見もありますが、これはできないはずという意見が多く、実際にできた方がいるのかも不明です。出入国管理・ビザ発給の目的を考えると、それは無理なような気がしますね。

同様な案件で、わざわざアメリカ観光ビザを取得された方もおられるようです。　

一方で、カナダは観光ビザで半年滞在可能だったはずなので、まずカナダへ入国し（おそらくその日から）3カ月以内にアメリカを通り抜け、カナダに戻り、のんびり過ごして日本へ帰るというのであれば良いのかも。　これは、新たに質問して確認してみてください。

長くなりすいませんでした。うまく周遊できるといいですね。