私は予約＆決済だけで、当日カウンターでチェックインしました。

2008年の春、バルセロナ～パルマ・デ・マヨルカ間をairberlinで往復しました。
バルセロナでもパルマでも、当日カウンターに行ってチェックインしましたが、何ら問題はなかったです。
（ちなみにチェックインをしたのは、フライトの１時間前頃です）