回答される方がいらっしゃらないので、ご参考程度ですが

私はカイロの定宿はヘリオポリスのメリディアンにしています。本当は市内（ダウンタウン）のホテルに泊まりたいのですが、交通渋滞もあり、値段も高いので、空港近くのこのホテルにしています。高級ホテルではありませんが、一応国際ホテルですし、頼んでおくと空港でミート・アンド・アシストしてくれます（ヴィザの取得等をやってくれて、ホテルまでのシャトルミニバスが用意されています）。
夜ご到着が20時ですから、なんやからやっていると深夜になってしまいます。イスラム国ですからとくに治安の心配はないのでしょうが、市内に行って観光するには、いくら「宵っ張り」のアラブ人の社会でも若干遅い感じはします。
ピラミッド観光を予定されているのなら、ギザのホテルへの投宿をお勧めいたします。夜じゅうに同ホテルに着いておけば、翌朝時間を有効に使えるでしょう。カイロは大都市ですから空港（北はずれ）からギザ（南東はずれ）までは、結構時間がかかります。
再入国のヴィザは必要ですが、1回目の入国の時にミート・アンド・アシストがどうするのかを見ておけば、それを真似すればよいだけです。日本で1回目入国のヴィザをとっていかれるのなら、入国審査の前に両替兼ヴィザ屋（印紙を売ってくれます）がありますので、そこで「ヴィザ」と言えばすぐやってくれます。
以上、経験だけからの情報ですが、ご参考になれば幸いです。