ペルー→ボリビア→チリ→ペルー

チリに行ってみたいだけですか。

クスコインでクスコアウト、それに比べてクスコインでラパスアウトでも運賃は少し高くなりますが驚くほどの高さではないと思います。

②のウユニ→サン・ペドロ・デ・アタカマの直通ですが日、月、木にウユニを早朝4:00に出発する交通手段があります。

4WD車でサン・ペドロ・デ・アタカマまで約10時間。

上記はウユニの町のhodaka社の情報ですがcolque Tousでも曜日は定かではありませんが夕方5時に出発するウユニ→サン・ペドロ・デ・アタカマの直通4WD車があり定員6名は満席でした。

旅行社旅行社によって時間帯はいろいろだと思いますのでウユニの町に到着後に旅行社に聞いてみればいいですね。

他の方もアドバイスしておられるように1日目はクスコ空港に早朝到着後は直ぐにマチュピチュに移動してしまってなるべく高山病になるリスクを低くした方が得策です。

それに目的地がマチュピチュとウユニ塩湖なのにマチュピチュ日帰りではもったいないような気がします。

1日目はマチュピチュ村に到着した後は長距離で疲れた身体をゆっくり休めて、2日目は早朝のバスでマチュピチュ遺跡に移動してじっくり観光なさればいいのでは。

夜行バスを乗り継いで移動の連続では体調も崩しかねないので3日目にラパスで休養を兼ねて一泊するとかした方が第２の目的地ウユニ塩湖で万全の体調で臨めるのではないかと思います。

ラパスには日系のホテルもあります。

ラパスの街も見応えがあるので素通りではもったいないような気がします。

雨季の時期ですので交通機関が何時もスム-ズに動くとは限らないのできつきつのプランよりは少し余裕を持たせた方が何か起こった場合でも対処出来ますよね。

南米旅行はハプニングがつきものです。

全行程12日で6夜が機内、夜行バス

気持ちは分かりますが、わたしが、若かりし頃でも、こんなに乗り物の中で寝るようなスケジュールはたてたことなしです。しかも、行くところが３０００メータ以上のところがメイン。死亡を伴う高山病は、疲労と睡眠不足、不規則食事が原因です。

少しリスキーな気が...

非常に忙しく動かれますね。
質問の件、①は可能ですが、初日の昼過ぎにはマチュピチュに移動されては？
クスコも綺麗な街ですが、ここまで駆け足な旅なら初日にマチュピチュに移動し、
2日目余裕を持ってクスコに戻られることお勧めします。

また②ですが、当方他には知り得ません。
一方で、アタカマ自体よりも、ウユニ→アタカマの峠越えツアーの方が魅力的ですので、
もしアタカマに行かれるのであれば、ツアーを利用されることお勧めします。

かなりタイトな日程ですが、成功を祈ります。
街についたら直ぐに次の移動手段を確保するようにして下さい。