アエロフロートだと

成田12:00→モスクワ17:25で乗り継ぎが翌日の09:25発→アテネ11:25
なのでVISAとってモスクワ観光しなかったら、空港待合室待機16時間！と言う過激な経験(VISAなしでホテル内缶詰コースもありますけど)をすることに。

一方帰りは
アテネ13:25→モスクワ17:50/19:40→成田10:00
と、とても便利。

それなので私はこの方面は
(往)同日乗継出来る　成田→モスクワ→イスタンブール
(復)　アテネ→モスクワ→成田
のオープンジョーで利用してます。(6万～8万円前後)
イスタン/アテネ間はギリシャ/テッサロニキ経由でバスで観光しながら移動が安くて楽しい。

以前Airで移動したこともあるのですがLCC並の便は見つけれませんでした。
どうしても成田⇔アテネだけと言うのなら、残念ながらアエロはお奨め出来ません。

スイス航空は利用したことないので分かりません。