Re: スキポール空港からウィーンへ

①について
オランダとオーストリアは共にシェンゲン加盟国ですので、
スキポール空港での出国審査はありません。
よく「EU加盟国同士だから」という質問を目にしますが、
出入国手続きを省略することを目的にするシェンゲン協定(条約)は
EU加盟国とは一致しないので、ご注意ください。
(イギリスやアイルランドはEU加盟国なのにシェンゲン協定には入っておらず、
アイスランドやノルウェーはEU非加盟にもかかわらずシェンゲン協定に入っています)

②2時間前で十分だと思います。

③昨年の12月31日は国際列車を除き、午後8時以降から1月1日午前1時頃
まですべて運休するとトーマスクックには記載がありました。
今年はどうなるか分かりませんが、同様の状況になる可能性が大きいです。
念のため確認することをおすすめします。
http://www.ns.nl/