国際YH連盟のHPで予約すると男女別の正規のYHばかりなので安心です

問題は解決したようですが、ホステル、バックパッカーズなどと違ってYHは原則男女別で安心です。

国際YH連盟のHP　http://www.hihostels.com からオンライン予約すれば、男性か女性の人数を記入しないと先に進めませんので、それで相手に男女別がわかり、女性室のベッドが予約されます。

カップルで個室を申し込まなければ、ドミトリーで男性１、女性１で予約されます。
YHは階や階段から別になっているほど厳格なYHもあります。ゆえに安心です。

沢山あるホステルのサイトで予約すると、ミックス部屋のホステルも多いので、単にドミトリーの予約となったのではないかと思います。
ホステルのサイトはYHはほんの一部しか載っていないので、必ず国際YH連盟のHPで予約すると、YHだけですので安心です。