搭乗できました。

大分古いトピですが私自身も同じ体験をして結局搭乗できました。
長いですが参考まで。

エールフランスのサイト上でフライトを予約、出発前日にオンラインチェックイン
をしようとしたところできず、電話でクレーム。
すると、苗字と名前が逆で予約が入っているとのこと。
一度予約をキャンセルし（３万円）新たに予約をしてくれ、と言われる。

間違えは認めるにしても、こんな誰にでも起こりうる単純ミスで3万かかる上、
前日にもう一度ブッキングなんて常識的に無理なので、1時間30分程粘るが結局らちがあかず。
『チェックインカウンターの担当者次第ですが、運が良ければ乗れますよ』、的な
ところは引き出すが、後は同じことを繰り返し言われるだけ。上の人間にすら
繋がない。

結論として

成田　カウンターで何も知らないふりをしてチェックイン。当然姓名逆との指摘を
される。チェックイン担当が、『ちょっと確認してみます』とカウンターの中で一番偉い風の同僚に相談。結局問題なし。現地で帰ってくれる保障はできない、と念を押される。
『こういうことって結構あるんじゃないですか？』と聞いてみたところ、『あります』とのこと。その場でチケットを取り直す人もいるらしいですが、庶民にはあり得ない話。

パリ　素直に姓名逆と言うと、『問題ないです。変更して発券します』とのこと。一通り電話、成田での出来事を話すと、『厳密に言えば規定で（エールの規定か業界の規定か知らないですが）搭乗を拒否することはできるが、今回のように明らかに問題ないと確認できるケースは問題ない』とのこと。

結局乗れる、というのが普通のようです。
そりゃ、電話であんな血も涙もない対応をされたらビビりますが、姓名逆程度で拒否されるケースはないと思います。とにかく粘って根気よく現場で説明すれば問題ないです。
（経験上の勘として、Easy JETやRyan Air等の格安系は厳しいかもしれないですが）

要は日本人のマニュアル通りの柔軟性のない対応に振り回された気がします。
フランスでは現地では説明をしっかりできれば何の問題もないでしょう。

一番の問題はオンラインブッキングにあります。
記入した内容を確認するページが一切存在しないです。確認メールでは姓名逆かは
判断しかねますから。例で言うと Mr. Ichiro Suzuki では逆、Mr. Suzuki Ichiro
になってないといけないようです。
ショッピングサイトを企画・運営する立場で言うと、あり得ないサイトです。

ただ、ヨーロッパ行きで唯一夜便が存在する貴重なエアラインですし、ネット上に書かれているほどサービスが悪いとも全く思わないですから、なんだかんだ言ってもエールフランスを利用し続けると思います。