移動はすべて列車のほうが安上がりかも

４０日なら各国平均１０日ずつでその移動を考えるとチェコ以降は列車の方が便利です。オーストリア基点の４国のセレクトパスが最適かと。
空路はプラハまでか、各国間の移動もすべて列車の、グローバルパス１ヶ月も選択肢にされるといいかと。

宿は朝食付き３０００円台のYHがいいと思います。４０日でもYH利用なら滞在費は３０～３５万くらいで可能ですので。
http://www.jyh.or.jp/