日程的には余裕があると思います

>1日目　フランクフルト着 アクションは出来ないと予想。フランクフルト泊

「アクション」できるかどうかは到着時間によります。夕方遅い時間や夜ならばフランクフルト、あるいはマインツ泊、午後5時くらいに着いて6時台に空港を出ることができればその足でケルンまで行ってしまうか、途中のバハラハで泊まって、きれいな街を散歩してワインを飲みます。

>2日目　フランクフルトからケルン大聖堂へのツアー
ツアーの内容がよくわかりませんが、仮に1日目フランクフルト泊としても自分で切符を買ってケルンに行き大聖堂を見物するので十分でしょう。ツアーでガイドがついていたとしても、ガイドの内容などはほぼネットで調べることができますし市販のガイドブックに載っています。往復とも鉄道でライン川沿の景色を楽しむか、どちらか一方だけでも船に乗るかすればあわただしくなくかつ非常に充実した1日になるでしょう。もちろん初日にケルンかバハラハまで移動していればさらに時間に余裕ができます。

>3日目～4日目ＪＡＬユーロバスにて（ノイシュヴァンシュタイン城の観光が約３時間付いてます）
参考

これは自分で旅行するとなると不便なところもあるローマ街道Romantische Straßeを効率良く周ることができそうで良いんじゃないですか。

>Ｑ2.嫁の一番の目的ノンシュヴァンシュタイン城って3時間もあれば十分なのか？色々調べてみると所要時間1時間30分がけっこう多いので十分だと思うんですが。かなり思い入れがあるようなので別に1日取った方がよいか。

ツアーで3時間取ってあると言う事はお城の中のガイドツアーも含めての3時間ですよね? だったらそれで十分だと思います。チケットを取るのに並んだり、希望時間のチケットが取れなくて待ち時間があったりすると3時間では不満が残るでしょうが、ちゃんとお城に入れるなら3時間で十分です。

>5日目ミュンヘン1日観光 6日目　ミュンヘン 終日（二人でがんばって観光）

ミュンヒェンで2日あるなら1日はオーストリアのザルツブルクに遠足はどうですか? モーツァルトに興味がなければわざわざ行くこともないかもしれませんが、モーツァルト抜きにしてもきれいな街ですよ。

>Ｑ4.旅行の時期的にオクトーバーフェストにぶつける事も可能だが、のんびり旅行を考えた場合はずした方がいいか？初めてで祭りって不安な面もあり、ホテルも2倍以上の金額に跳ね上がっている！！がビールは大好きです。

何ともお答えできませんね... お祭の中身は遊園地と大テントでのビールです。ただ年々来る人が増えてテントに席を取るのが難しいとか。それと書いておられる通り宿代が跳ね上がるのも悩みの種です。ビールだって高いですからね、テントで飲むと。

わたしのお勧めは4日目、5日目はアウクスブルクで宿を取ってそこから5日目ミュンヒェン、6日目ザルツブルクに日帰りで出かけることです。ミュンヒェンが1日で足りなければ6日目の帰りにもう一度ミュンヒェンで降りて見物してくれば良いでしょう。

アウクスブルクのメリットは
1)宿代も含めてミュンヒェンより物価が安い、
2)しかし宿もレストランも十分にある
3)観光のポイントも数多く、かつ比較的まとまっているので見物しやすい
4)鉄道の便が良い(ミュンヒェンまで片道1時間かからない)ので移動にも便利
です。

>※仮に9日に期間を増やせたらミュンヘン発のオーストリアツアーを予定

上の日程でザルツブルクやインスブルックなら十分日帰り可能ですし、ツアーでなくても個人で手配できます。

ということで、新婚旅行であわただしくなくゆっくりしたい、でもそこそこ名の通った観光地には行っておきたいと言う事ならば、ローマ街道+ライン川の2点セットにケルン大聖堂とザルツブルクで個性というかアクセントを添える程度でよろしいかと思います。