意見というより感想です

意見と言うより単なる感想です。気楽に聞いてください
オランダ　アムステルダム(4日）　→　デルフト(1日）　→　デンハーグから、ブリュッセル　(1日）→ベルギー　ブリュッセル(1日）

アムステルダム4日がちょっと多いかなと思いますが、見たいものがあればそれでも悪くないし、ザーンセスヒャンセでしたっけ、郊外に風車を見に行くとかハーレムやユトレヒトに日帰りで遊びに行くなどのプランを組めばそれでも良いと思います。

デルフト良い街ですよ。泊ってブラブラ歩くと楽しいと思います。

オランダからブリュッセルへはデンハーグを先に持って来てデンハーグ見物、デルフト宿泊、ベルギーへの移動とした方が行程にムダがないです。

ブリュッセル泊が2回出て来るのは「?」ですが、2泊なさるのでしたら1泊はブリュッヘ(ブリュージュ)になさってはいかがでしょう?

>ケルンからリューデスハイム(１日）→ライン川下り　(1日）→　フランクフルト(1日）→　　ベルリン(3日）　→　ドレスデン(3日）　→

リューデスハイムまで行っておきながらまた1日を費やしてライン下り(つまりザンクト･ゴアまで戻って船に乗る)をなさる意味がわかりません。わたしでしたらSt.Goarで船に乗ってラインを遡ります。まずケルン見物をした後ザンクト･ゴアかバハラハで1泊。そこから船でリューデスハイムに行ってフランクフルトに移動します。実際にいらっしゃればわかると思いますが、街の雰囲気はバハラハもリューデスハイムもたいして変わりません。

ドレスデンは2泊にして街の規模が大きく見どころも多いベルリンを4泊にします。もっともこれも好みによりです。マイセンも含めてドレスデンに見たいものがたくさんあれば原案通りでも良いと思います。

ドレスデン以遠に関してはわたしはチェコを知りませんのでノーコメントです。

>鉄道で動くのは、アムステルダム →　デルフト　→　デンハーグ　→　ブリュッセル　→　ケルン　→　リューデスハイム　→　川下りの船　→　ザンクト・ゴアルスハウゼン　→　マインツ　→　リューデスハイム　→　フランクフルト　→　ベルリン　→　ドレスデン　→　プラハ

一部に重複区間がありますが、概ね問題なしです。この行程でしたらアムステルダム-ブリュッセルとブリュッセル-フランクフルト、フランクフルト - ベルリン、ベルリン - プラハの4枚に分けて切符を買えば十分です。パスは要らないでしょう。

>普通のチケットは、予約なしで良いみたいで、オープンチケットとなっていますが、これは、時間が決まっていないということでしょうか？

そうではありません。ICEやThalysなどを使う場合あらかじめ列車を指定しなければなりません。これは日本のように運賃(切符)+料金(特急券)というシステムになっておらず、料金も含めての運賃になっているからです。

>このような長い旅の場合、全部、ホテルとかは、予約を取っていったほうが良いのでしょうか。
決まっていないと不安な感じがするのですが・・・・

必要ないと思います。どうしても泊りたい宿やJH(ユースホステル)などの安宿で宿泊費を節約したければ押さえておいた方が良いでしょうが、そうでなければ行った先で探すので十分です。チェコは知りませんが、アムステルダムとブリュッセルは予約して行った方が良いですが、他は多分飛び込みで大丈夫でしょう。