ヴェルサイユ宮殿を先、シャルトル大聖堂を後

どちらが効率的かはわかりませんが、
一般に大聖堂の大ステンドグラスは西を向いているとハズです（たぶんシャルトルも）。
なので、午後遅めの時刻にシャルトル大聖堂に行くのが良いと思います。

やはり、シャルトル名物の青のステンドグラスは、一番良い時間帯に見たい！

ということでヴェルサイユ宮殿に朝いちで行くことをお薦めします。

良いご旅行を。