時間優先ならエアアジア

シンガポールからジョホールバルへ行き、エアアジアをクアラルンプールで乗り継ぐのが早いですよ。
運がよければ、エアアジアは信じられないような値段でチケットを入手できますから、検討の価値はあると思います。

あとは夜行バスでクアラルンプールに行き、そこから同じくエアアジアで飛ぶ方法もありますね。
先の方法で乗り継ぎがうまくいかないときは、検討の余地ありでしょう。

なお、バタワースから直接ランカウイにフェリー(高速艇)は出ていませんので、バスで行くならランカウイ行きが出ているペナン(ジョージタウン)行きに乗ったほうが便利です。
ランカウイ行きのフェリー(高速艇)はクアラプリウスからも出ていますが、こちらへはシンガポールから直行バスはなかったと思います。
したがって、クアラルンプールやバタワースでバスを乗り継ぐことになりますが、フェリー(高速艇)の便数はペナンよりはるかに多いので、辿りついてしまえば便利です。