メストレ駅周辺が良いでしょう。

時間も遅いしバスないしタクシーで、メストレ駅周辺にホテルを取るのがいいです。
空港周辺、メストレ駅周辺、どちらにも泊まったことが有りますが、個人的にはメストレ駅周辺のホテルが翌朝も便利で良いと思います。
パドヴァにも泊まったことが有りますが、周辺はホテルが少なく、離れた町の中心までバス便でした。