4日用でOK

一部乗れないというレスもありましたが、ザルツブルク中央駅はドイツの国境駅(昔はここでドイツへの出入国手続をした)ですのでジャーマンレイルパスやバイエルンチケットで乗れます。
ただ、ミュンヘンまでフランクからの往復もするのでバイエルンチケットは選択肢には含まれないかと。これは普通列車しか乗れない青春１８きっぷと同じ種類のもので、バイエルンだけをジックリ見る人用です。平日は9時前の列車に乗れないので、時間のない人には向きません。
ジャーマンレイルパスツイン4日用かプリーン往復+ジャーマン3日の安い方でいいと思います。
時間があれば帰りはやや遠回りしてローテンブルクやハイデルベルクなどに寄るといいかと。

宿はドイツが発祥地であるYHがいいかと。設備がすばらしいです。バス、トイレ付き個室でもホテルよりかなり安いです。
http://www.jyh.or.jp/ でオンライン予約できます。