最終的には

　ご存知の事でしょうが、T/Cを使用する際に受け取る人の目の前でするのがカウンターサインですから　すでにカウンターサイン済みのT/Cはよっぽど適当な所でしか受け取ってくれないのではないかと思います。
カウンターサインの欄にホルダーサインとは別の物が記入されているのですから　厳密にいうとだめでしょう。

　通常パスポート番号は受け取る方がパスポートを見ながら裏面に記入していますので、記入を求められた時に何処に書くのか聞くべきでしたね。

　そのT/Cは持ち帰って、発行された所で発行控を持って事情を説明されては如何でしょうか。