これだけの旅行経歴があるのならば。。。

fwhp6181さん　こんばんわ

これだけ　多くの地域を訪問されているのですから
団体旅行にこだわらなくてもいいのでは？？とか　思いましたが・・
以下　参考までに

チチカカ湖　ナスカ　ワイナピチュ・・主な移動手段が陸路であれば　選択が必要ですね　
飛行機を活用して　散財コースなら　リマ⇒クスコ　クスコ⇒プーノ（フリアカ）　プーノ⇒リマ
　
中南米の団体ツアーは、なかなか満員御礼？になりません
時期が中途半端だったり　高いし　需要が少ないし・・・
大手　小手？に関わらず　参加人数が少なければ取りやめが多いです
そして「個人手配であれば　この日程で取れますよ」なんていわれて　散財になったりします
※私もそんな経験があります（笑）

ついでに　サービス慣れした日本人が満足するホテルは、現地でも高級ホテルが多いのです
そのため　ツアーといえども宿泊費（とくに　お一人様料金）は　結構高いです

日本⇔ペルー　航空券だけ手配しておいて
現地のツアーなどは　現地の旅行社にコーディネートしてもらっては？
日本の旅行社に頼めば、結構散財になります
ペルーは　中南米でも日系旅行社が多いです　問合せメールも日本語でOKです
現地の旅行社にお願いできるのは
・希望すれば日本語でガイドもお願いできます（節約するなら　英語か西語）
・マチュピチュまでの切符・リマ⇔クスコの航空券など　現地の移動手段
・宿泊先　予算・ホテルのランクや・送迎の有無　など　具体的に・・

リマ・クスコは見ごたえのある都市なので　市内観光ツアーにでも参加すれば効率よく回れます
マチュピチュは、とりあえず現地まで行けば　ガイドブック片手に歩けます
ナスカは空港まで行けば　フライト手配OK

また　日系宿に宿泊して　移動手段やツアーを手配してもらう・・という方法もあります

とりあえず　こちらの過去の掲示板を検索してみては？
最新版　地球の歩き方も1冊あれば　すごく便利です