本来なら

この区間の移動スケジュールを確定させてから他の都市の予定を組むべきだったと思います。とは言うものの、それは既に後の祭りかもしれません。

もしテッサロニキからブダペストまでの電車による所要時間30時間が長すぎる場合、アテネ或いはテッサロニキからブダペストまで飛行機で飛ぶのを検討した方がいいでしょう。ちょっと調べてみましたが、片道３万円位からあるようです。