私は運良く、さような状況になったことないが、

皆さんの過去ログからすると、

(1)ｍｙtransactionで、再度、貴方の予約を確認する。booked history とか、関係するcanselページとかもチェックね。
②予約無ければ、もう一度買いなおす。
③ときどき予約確認して、二重手配があれば、一方をキャンセルする。
　過去ログで「キャンセルすると、直ぐに金が口座に戻される」ってありました。
④貴方のカード支払状況を毎日、2か月ほどは観察しておく。
⑤２重支払となっていたら、即、カード会社に相談及びインド国鉄に連絡。
⑥解決できなかったら、インドに行った時に、相談する所を調べる、最悪、外国人予約窓口で相談する。

ではないでしょうか。
僕の場合は、カード番号、次いで、VBV（カード認証番号で、暗証番号ではない）うちこんだら、即、受け付けないって出た。E-MAILが来て、「支払間違いがあったら、返信せよ、これは自動配信」だってようなのが来た。時間余裕あったので、支払が生じて無いこと確認して。ゲート銀行変えて手配したらうまくいったです。