何を求めているのか？

>どなたかアドバイスお願いします。

何に対する助言を求めているのか？これではわかりません。

それとも、

>他に効率のよい廻り方後存知の方、エアー名やチケットの購入方法教えて下さい

これが質問内容なのでしょうか？

日本語び意味からすれば、両者は別々ですよね。
それでは、やはり一番目の質問の内容はなんなのだろうか？
よもや、プラハ、ブタベスト、ウイーンの都市に関する質問？
さらにはホテルやレストラン、まさか、”何をしたら、何を見たらよいですか”
ではないですよね。

5月にJALが飛んでいる保証はあるかとか。

少なくとも早めに確保しておかないと、先のことはわからないのは事実でしょうが。

成田→ミラノ→プラハ→ブタベスト→ウイーン→フィレンツェ→ミラノ→成田は
順番としては問題ないと思います。ただし、→プラハ→ブタベスト→ウイーン→は
順序変更可能でしょう。

プラハ→ブタベストは乗り換えなしが1日4本で、7-8時間、乗り換え有りを入れても
6本程度（一本は14時間以上掛かるので除外）。プラハ→ウイーンは4.5-5時間。
乗り換え無しも1日6本程度。このような情報はすでに入手済みでしょうし。

ウィーン→フィレンツェは定番？の
EN 235
Wien Meidling --> Roma Termini

Wien Meidling 19:30
Wiener Neustadt Hbf 19:55 19:57 3
Venezia Mestre 2:52 3:11
Ferrara 4:18 4:19
Bologna Centrale 4:48 5:15
Firenze S.M.N. 6:18 6:30

を使うとすれば、最後がウィーンでしょう。
他の二都市からはフライトがミラノか、ヴェネチアだし、陸路は乗り換えと
時間で除外。

WIZZ AIR
10 May 10
W6 836 08:10 09:30
19.99 EUR
空港はミラノとは名ばかりのベルガモ空港。

SkyEuropeは倒産したのですね。運行停止時には上記WIZZ AIRが救済したそうです。
立派。なお、スロバキアの会社（だった）。

Easyjetはマルペンサから、
Dep 10 May 2010 10:45
Arr 10 May 2010 12:15
Flight 2583
11.25 EUR

W6 236 08:05 09:35
29.99 EURがブダペストに飛んでいます。

Smart Wings
10.05.2010 QS1015 54.00 EUR 14:35 Milan 16:00 Prague
これもベルガモ。

なので、MIL-PRG MIL-BUDのどちらにしても大差ない。

レガシーキャリアーを使うと、
AZ 7560
Milano, Malpensa
lunedì, 10 maggio, 09:15
Praga, Ruzyne
lunedì, 10 maggio, 10:45
AZ 7562
Milano, Malpensa
lunedì, 10 maggio, 19:20
Praga, Ruzyne
lunedì, 10 maggio, 20:45
EUR 371.74

Volo AZ 7560 in code share operato con Czech Airlines a.s., CSA
Volo AZ 7562 in code share operato con Czech Airlines a.s., CSA

VIE-FLRはOSのみの就航。
A-PASSが使えます。

書けるのは、このくらいです。

”欧州は鉄道パスに限る”を信条（信仰？）にしている人もいるので、
それに従うのもひとつの方法。