夜行可能は2ヶ所

ベルン～ケルンは近すぎてあっという間です。夜行不可です。
ベネチア～ウィーン、ウィーン～チューリヒ(その後サンモリッツへ)は可能ですが、途中の景色がいいのでもたいないかも。前者は世界遺産セメリンク鉄道と超きれいなヴェルター湖、後者はチロルアルプスを走ります。簡易寝台なら安いです。運賃、特急料金はパスに含まれているので寝台料金のみを払うことになります。
YHよりは高い程度かと。
MSMはパスが使えるうちに。パリに帰着した日に切れるのが理想的です。
まだ1日残っていたら、ロワールに往復してもいいかと。とにかく15日フルに使ってください。