大変そうですね。

＞＞今回観光でグアテマラに滞在します。
＞＞９０日までは特に何かする必要はないのですよね？
＞＞９０日切れるまえにイミグレに行き延長（１回のみ）したいと思います。
＞＞その際特に難しい事はありませんでしたか？

インターネットで調べたのですが、
手数料Ｑ75かかる。翌日発給。
手続きには保証人と保証人の身元証明、
滞在資金証明（クレジットカートなども可）が必要。
資金証明は弁護士に作成してもらう必要がある。
（資金証明は、銀行で出来ないか？）

＞＞あと、今回滞在して気に入ればまた近いうちグアテマラに滞在したいのですが、
＞＞また日本から行く場合このような形でまたイミグレで９０日延長していただけるのでしょうか？

期間を置かないと入国は難しいかもしれません。
その辺のことを、
グアテマラの大使館に問い合わせしたほうが
確実によく分かるのではないでしょうか。