バスも混ぜるといいかもしれません。

基本的には電車の方がお薦めですが、部分的にバスを取り入れるのはお薦めです。
ポーランドではアウシュビッツ以外に行く気がないならばクラクフよりカトヴィツェを基点にしたほうがいいですが、クラクフ周辺に行くのならバスを混ぜた方がいいですし、


http://www.eurolines-pass.com/index.php?id=113
因みにベルリンからクラクフまでは週3便夜行バスが出ていますね。
http://www.eurolines-pass.com/index.php?id=70#937
クラクフ～ウィーンも夜行バスが、こちらは毎晩走っています。
http://www.eurolines-pass.com/index.php?id=80#1005

ホントはポーランドのもぐりのバスに乗れると凄い格安なのですが...。地元の人しか分らないでしょうね。
今行こうとしている都市とある程度詳しい時刻表が分れば更に詳しく調べる事も出来るのですが...。

チェコは素通りなのでしょうか?