あくまで基本です

近年ではアライアンス化が進み各国（各空港）共チェックインの
運用方法も統一過程に有るのではないでしょうか。

ＣＤＧでＫＥとＡＦの共同運航便でＡＦが運行の時私は
ＫＥで予約したのでＫＥのカウンターでした。
ＡＦで予約していればＡＦのカウンターでしょう。

他の便でも予約した便名のカウンター以外の事は有りませんでした。