よくわからないのですが

良く分からないのですが、荷物は本当にクラクフまで直接行くのですか？
私の経験では、最初のシェンゲン協定加盟国（この場合はドイツ）で荷物をピックアップして税関を通り、再度荷物を預ければ、あとは入国審査も関税検査もないのですが。
ドイツ→ポーランドは国内線扱いになるはずです。

ということで、
・税関をスルーすることは出来ないのでは
・入国審査はポーランドではなく、ドイツ
・クラクフまでは、国内線扱いになり、乗り換えはトランジットにはならない
と思うのですが。
このような関税をポーランドまで延ばせるケースもありえるのか不明です。