サイクリングお勧めです。

私の場合は、西岸はタクシーチャーター、東岸（ルクソール市内）は自転車でやりました。
西岸は起伏が少々きついですし、距離も結構ありますので、その点を考えられたほうがよいと思います。
タクシーは、ぼられることもありますが、ホテルで大体の値段を聞いて、交渉すれば「平均的な値段」でやってくれると思います。カイロのタクシー運転手ほど悪質ではないので、やってみてください。
2日間チャーターしたタクシー運転手に帰り際ルクソール空港で若干のチップをあげたら、涙ながらに両手で握手してくれました（ちなみに彼はアスワンの出身と言っていました）。
西岸は早朝の熱気球ツアーもよいと思います。各ホテルのロビーなどに出店が出ていますが、値段をよく確かめてください。ツアー会社によって内容はあまり違わないようですが、値段に2倍以上の開きがありました。また、ルクソールから足を伸ばしてデンデラに行きましたが、市内を出る場合は警察車両が前後について数十台のコンボイで出かけます。これも、交渉次第で若干の値引きをしてもらえました。市内にエージェントがたくさんありますので、そちらで交渉したらよいかと思います（多分、ホテルの出店より若干安いと思います）。