無事解決しました

JORGE様

詳しい解説、ありがとうございました。また、返信が遅れて申し訳ありません。
既に帰国していますが、結果は問題無しでした。お礼がてら、顛末を報告します。

１）キャセイからANAへの香港空港での乗り継ぎ時の荷物について
投稿後に、ANAに電話で問い合わせたところ、「おそらく大丈夫です。キャセイでスラバヤ出発の際、ANAのEチケットを見せて乗り継ぎがあることを伝えてください。」との回答をもらいました。
「おそらく（だったか、たぶんだったかは記憶が不明確）」という言葉にはひっかかりましたが、実際は、キャセイのチェックイン時にANA便への荷物の自動的な取り次ぎは問題ないと言われました。さらに、スラバヤ空港のキャセイカウンターでANAの搭乗券も発券してもらえました。キャンセル待ちでリクエストをかけていた無事処理されたらしくアップグレードも完了していました。
なお、ご指摘の通り、帰国便は羽田着ではなく成田着でした。記入ミスでした。

２）深夜着時の滞在ホテルについて
結局、香港空港からタクシーで5分くらいのNovotel Citygate Hong Kongというホテルに泊まりました。目の前にある超高層住宅に圧倒されるロケーションでした。booking.comで約1万円でしたが、初めての香港ということもあってやむを得ずです。羽田からの便の到着時刻は遅れなかったのですが、市内への電車はちょうど最終便が出発するタイミングで、多くの人は走って駆け込んでいました。荷物が遅かったり、不慣れだと、鉄道への接続は無理ですね。慣れていれば、バスで市内に行くのが経済的によさそうでした。ちなみに、ホテルにチェックインしている最中に、ANAのクルーがバスで同じホテルに到着していました。常宿だそうです。
なお翌日は、半日だけ市内観光をして、午後便でスラバヤに無事飛び立ちました。それにしても、鉄道駅で飛行機にチェックインできるのは便利そうでした。