エールフランス利用前提での回答です

利用される航空会社がエールフランス(AF)、という仮定で書きます。
(CDGまでがJALで、乗継便がAFでも同様です)

日本からエールフランスで到着し、パリから先もAFを利用される場合は、
通常荷物はリスボンまで直接スルーチェックインできますし、
搭乗券は通常日本でもらえます。
その場合は、直接CDGで搭乗ゲートにそのまま向かって構いません。

但し、日本でもらえる搭乗券には搭乗ゲート番号が表示されていないが、
表示されていても変更されることがあるので、CDGに着きましたら、
乗継便案内の画面を見て、搭乗ゲート番号を確認してください。

日本からの便はAF・JALともターミナル2F(2F-1)の到着です。
リスボンへのエールフランス便はターミナルDの発着です。
http://www.airfrance.co.jp/airport/2003-cdg.htm

なお、ポルトガルとフランスはどちらもシェンゲン協定加盟国ですので、
入国手続きはパリで行われます。ご注意ください。
但し、乗継の場合はCorrespondanceの表示に従って移動すると、
ターミナルDに行くまでの間に入国審査を受ける格好になります。
従って、パリで降りる人とは入国審査を受ける場所が異なりますので十分にご注意ください。
http://www.airfrance.co.jp/airport/2003-immguration.htm

もし、他の航空会社利用でしたら、その旨レスをいただけるとありがたいです。
(CDGまでと、CDGから先の両方の航空会社名が分からないとお答えできないので)