2) と3) について

>2)ノイシュバンシュタイン城等を観光するのであれば、ミュンヘンから日帰りではなくフュッセンで一泊したほうが良いのでしょうか？（ミュンヘンで３泊か、フュッセン１泊、ミュンヘン２泊かで迷っています）

前のコメントに書きましたが、確実に午前中に見物したいのであれば前夜(原案では4日目)フュッセン泊です(ミュンヒェンあるいはアウクスブルクから早い列車に乗ると平日なら朝9時までバイエルンチケットが使えない)。

ミュンヒェンだと中央駅を5時前に出て現地 Hohenschwangau に7時半着、次が6時過ぎ発、9時半着です。
時刻はおおよその時刻ですので、あらためて下記で検索してください

http://reiseauskunft.bahn.de/bin/query.exe/en

3)宿泊は主にYHを予定しているのですが　どの位前に予約をとるべきでしょう？　

バハラハのJHは泊りたい人が多くなかなか予約が取れないようですので、できるだけ早く予約を入れた方が良いでしょう。

>又、YH会員に入っておくべきでしょうか？

>Ein „welcome stamp“ kostet 3,10 €. Alternativ können Sie auch eine sofort gültige internationale Gastkarte zum Preis von 15,50 € kaufen.
http://www.jugendherberge.de/de/mitgliedschaft/info/index.jsp

会員証がない場合は一泊あたり3.10オイロ割増しになります。あるいは15.50オイロでその場で会員証を発行してくれるとありますので、1オイロ 135円のレートで計算すると約2100円、日本で成人の会員証をつくると2500円です。この後為替レートがどう動くかわかりませんが、来年中に4泊までしかしないのであれば会員証はつくらなくても良いでしょう。

なおバハラハとそのJHについては以下のコメントも参照してください
http://bbs.arukikata.co.jp/bbs/tree.php/id/406799/-/parent_contribution_id/364210/