プロじゃないんで...

こんばんは、

>半年以内に再入国し、90日以上滞在してしまったのでどうなるのだろうかと、不安でした。

わたしの判断の根拠は先ほどのコメントに書きましたが、「180日間に90日以上滞在」というケースがありましたでしょうか? 拝見した限りではなかったように思うのですが。

>もし、2009年12月～に44日間シェンゲン協定国内に滞在したとすると、次回はその半年後、6月以降じゃないとシェンゲン国内には入国できないと考えればよいのでしょうか？

そのはずです。もう晩酌の後なので、明日にでもゆっくり考えてみます。