ひとつの案です

パリ～東欧の移動（往復）をどうするかが問題だと思います。
私なら、格安航空チケットを利用しパリからチェコまでの往復の航空券を買います。
その他は鉄道（又はバス）を利用でどうでしょう？

大ざっぱな旅行計画
１）日本からパリ 　 　 航空券購入済み
２）パリから南仏　　　　　　　　　　　鉄道を利用し、パリ往復。
３）パリからチェコ（プラハ）　　　　　航空機で移動（往路）
４）チェコからハンガリー、クロアチア　鉄道を利用し、最後はチェコへ戻る（帰りはオーストリア経由でチェコとか）
５）チェコ（プラハ）からパリ　　　　　航空機で移動（復路）
６）パリから日本へ 　 航空券購入済み

特に行きたい国は、南仏→チェコ、ハンガリー、クロアチアということですので
これらの国を最優先しました。