大丈夫です。

はじめまして。
例えば、アメリカ地方空港からSFO、SFOから日本と乗り継ぐ場合でも、ANAが通しで発券している(コードシェアや提携便)ならば、最初に搭乗する地方空港で、荷物を預け、出国審査(アメリカを出るわけですから。といっても、普通のセキュリティチェックのみ)です。 通常は、荷物は成田・中部・関西などで受け取り、ここで日本への入国審査&税関になります。その後、日本の地方空港へ移動であれば、再度預けなおします。
荷物が日本まで直接行くかどうかは、アメリカの最初の空港カウンターで確認するか、荷物預け証の控えを見ればわかると思います。

どうしても不安であれば、ANAに電話で確認すれば一番良いと思います。

アメリカは、入国には厳しいですが、出国はあっけないほど簡単です。

補足ですが、先日友人が伊丹空港→成田→USAの際に、伊丹で荷物を全て開けるよう言われ、お土産など全品チェックされ、国内線に乗り遅れるのではと心配になったそうです。他の日本人旅行者も同様にチェックされていたそうで、日本出国の方が日本人に厳しかったと嘆いていました。

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