ドブロブニクロに飛行機で入り、シベニク発飛行機経由で、大阪に帰りたいが。。。

ルフトハンザが便利では

　ルフトハンザ＋クロアチア航空でザグレブ、プーラ、リエカ、ザダル、スプリト、ドブロブニクに便があります。
　具体的な連絡等はルフトイハンザのサイトで確認できます。

　ザグレブを含めてまわるのであれば、ザグレブ→プリトヴィツェ→スプリト（シベニク＆トロギール）→ドブロブニクとかいったコースが単純でよいと思います。

２のみお答えします。

今年5月に15日間クロアチア訪問。

大きな荷物は長距離バスに積めます。
料金が発生しますが。

日数が少なければ、ザグレブは、
スロベニアまたはオーストリアまたはハンガリーと
くっつけた方が楽。
通貨が面倒ですが。

ドブロブニクやシベニクに乗り入れている航空会社が少ないし、
日本からの直通チケットが見つけにくいので、
ヨーロッパの起点の空港から、両空港の発着チケットは高くつくでしょうね。

クロアチアは馬蹄形の国土で、高速鉄道もなく、
長距離バスはひたすら一般道を走りますので、
移動に時間を取られます（ごく一部に高速道を走る
バスもありますが）。