経由便

CA919 SZX 1050 NRT 1810ですが、実際には
CA919 SZX 1050 PVG 1320
CA919 PVG 1415 NRT 1810

同じ機材での運行で、深圳（きちんと表示されるのかな？）から
成田ならば航空券もSZX-NRTとなり、途中の上海は書かれていないはず。

質問の主旨は、深圳でのチェックですが、外国人が海外で
航空機にのる際に必ずパスポートチェックがあります。
ですから、答えはYESです。

国をまたがる経由便（台北経由香港など）の場合は、出入国などは
関係ないのですが、経由して国内に飛ぶ場合は、少し違ってきて、
また国によっても違います（最終地であるとか）。