責任所在と原因究明

これは、明らかに、旅行代理店または発券代理店（ホールセラー）のミスです。
まずは、旅行代理店の責任者と話すのがベスト。

そしてそのミスが、旅行代理店なのか、発券代理店なのか、そして、それはどの過程でミスが起きたかを知るのが大切です。まぁ、飛行機の予約記録には過去の経緯を見れる「ヒストリー」があるので、旅行代理店と発券代理店は、すでにミスの原因をはっきり、わかっているはずです。

これは、推測ですが、代理店側は、とにかく、bali-love2008がなるべく既存のスケジュールに近い便で、旅行できるように、空席がある高いクラスで席を、予約をし直し、そこで発生した航空券料金差額分は、代理店がかぶっているので、bali-love2008さんには、金銭的には、もう出せないといっているのかも。

あとは、bali-love2008さん次第だと思います。
(1)相手方のミスはミスとして受け止め、マイレージ100%加算でよしとする。
②予約ＯＫをもらっていたと主張をし、あくまでも元の飛行機便を取るように代理店に交渉する。（この場合、発券代理店から航空会社に交渉してもらう。ただし、その飛行機がオーバーブッキングしている時は難しい）
③予約ＯＫをもらっており、代理店のミスなので、やはり金銭的値引きをしてもらう。他の方からホテルのサービス提供等の交渉とありましたが、これらもやはり、お金がかかることなので、交渉余地はあるものの、難しいかも。あとは、代理店から航空会社に交渉してもらって、航空会社のラウンジを使わせてもらうようにするとか・・

最終的に納得いかない場合は、ＪＡＴＡに持ち込むことになりますが、多分、希望の便の席は取れないでしょう。