荷物を持って入国し、改めて国内線搭乗手続きする。

浦東から西安への時は、

「荷物を受取り入国し、改めて国内線搭乗手続きカウンターで荷物を預ける。」

北京も上海も、国内線への乗換えはトランジット手続きを常にしているか、疑問です。
多分、通常はしていないじゃないかと思えます。

その場合、上記の通りになります。
・出入国カードは入国時。
・浦東～長沙の搭乗券はKIXで一括してもらえるでしょうから、託送荷物がなければ
　国内線搭乗カウンターに並ぶことなく、直接Ｘ線検査場へ行けばいいです。
・３時間あれば全く問題ないです。

北京も浦東も国内線トランジットカウンターは機能していませんでした。