便利な場所

「拠点を決めて訪問」の意味は？

　ご質問の意味をちょっとつかみかねています。
　「拠点」とおっしゃっているのは何処か一箇所に滞在してプラハとウィーンを日帰り観光したいということでしょうか？　５泊ということですからそうではないのですよね？

　「プラハとウィーンのどちらに重点を置くか？」ということでしたら、単純に町の大きさと観光ポイントの多さからいったらウィーンです。
　どちらを先に見たらいいかは好みやその街に対する思いで様々だと思いますが、特に無いなら小さい街からの方がよいでしょう。
　例えば日本からヨーロッパ内のどこかを経由してプラハに入り１泊、翌日はプラハ観光して１泊。王宮や旧市街の観光なら1日でまわれます。
　プラハ→ウィーンは列車で最速5時間弱。朝8時過ぎのECに乗れば、乗り換え無しで13時半前にウィーンです。ホテルに荷物を置くなどしてもこの日から観光モードに入れますから2日半、乗り継き地からの日本行きの便が夕方以降なら約3日ウィーン観光できます。その場合、プラハからの移動を午後にしたりとかのアレンジも考えられます。

　ちなみに計画時のヨーロッパ大陸内の国際列車の時刻検索は、ドイツ国鉄のサイトを使うと便利です。
　　http://reiseauskunft.bahn.de/

Re: 便利な場所

前提条件として、
・プラハ（またはウィーン）に飛行機で入り、鉄道で移動して、ウィーン（またはプラハ）から飛行機で帰る。
・機内泊を除いた現地での宿泊が５泊。
ということでよろしいですか？

そういう前提なら、私ならプラハ、ウィーンで各２泊、そして鉄道で移動途上のどこかで１泊、にしますね。

経路や乗継にもよりますが、プラハ（またはウィーン）に到着するのはたぶん夕方でしょう。また、ウィーン（またはプラハ）を出るのも昼過ぎぐらいでしょう。
だとすれば、プラハ（またはウィーン）に着いて、夕方街歩きぐらいはできるでしょうが、ともかくそこで１泊、翌日観光してもう１泊、次の日は朝から鉄道に乗ってどこかの町に着いて観光して１泊、次の日はまた鉄道で移動してウィーン（またはプラハ）着で１泊、次の日観光して１泊、最後の日は朝の街並みを楽しんでから空港へ、といった感じですかね。

あるいは鉄道での移動は、１か所ぐらいは寄り道するとしても１日で終わらせて、どちらかの街で３泊とか。

２泊－１泊－２泊の場合の真ん中の１泊がどこがいいかは、私にはアドバイスできるだけの知識がありませんが、きっとどなたかがアドバイスをくださるでしょう。