すぺてPAなら簡単

日本→マニラ、マニラ→セブのすべてがPA利用なら、簡単です。
ちなみにセブ国際空港はセブ島の隣のマクタン島にあります。

荷物は、直接セブまで送られますが、一応チェックインのとき確認しましょう。
マニラで降りたら、周りの人と一緒に付いていって、フィリピンの入国審査を受けます。
入国審査が終わるとそこにターンテーブルがありますが、荷物はセブまで送られているはずですから無視をして、外に出ます。

すると、左側に国内線ターミナルがありますので、そこに移ります。
入り口で簡単なセキュリティーチェックがあって、中に入ったら、空港使用税を払います。支払いはフィリピン・ペソですが、そばに両替所があって、ペソがなければ日本円をペソに換えます。ここの方が、日本の空港よりレートが良いので、日本でペソを用意する必要はありません。
税金を払った証明をもらったら、セキュリティーチェックを受けて、ゲートまで行きます。
そこで、セブ行きの飛行機に乗り込めば、マクタンまでいけます。

マクタンでは、国際線の荷物受け取り口に行きます。そこで、税関のチェック（大抵形式的）を受けてマクタンに到着となります。

参考にしてください。