厳しいかも

初めまして
一日目・ドブロヴニク観光、一泊
その日にドブロブニク入りでしょうか。

二日目・ドブロヴニクからバスでザグレブまで移動
11時間かかります。丸一日中、捨てることになりますな。常識的には航空機で移動します（1時間）。

三日目・ザグレブを観光し、21時10分発ウィーン行きでウィーンへ
(1)ザグレブからウィーンまではとても景色がよいところを通ると聞いたので、３日目の朝ウィーン発の列車にしないともったいないか････････意味が判りませんが、夜行列車では景色は見られませんからね。
それから大事なことを一点、夜行列車利用で旅券を盗難等で紛失した場合、ウィーンからは出国出来ませんよ。

全く余裕のない旅程でバスや夜行列車移動は時間の無駄。
1日目と2日目の旅程次第でプリトヴィツェは可能かも。