明確な答えは出ない質問だと思います

旅行日数、航空会社、航空券の予約クラス、利用ホテル、観光内容など多くの要素によって複雑に変わります。

どちらが安いかというより、自由度、お二人の旅のスキルとスタイルを考えて選ばれる方が懸命だと思います。まず自力で個人で行く場合の現地交通費、ホテル、現地ツアー費などを積算して個人旅行の概算予算を基本として作っておいて、それを各ツアーの内容と価格を比較されたらよいのではないでしょうか。

ベトナム経験者ならベトナムがホテルや現地代理店でバスやツアーを手軽に申し込みできることはご存知でしょう。出たばかりの『地球の歩き方ベトナム編'09～'10』にも多数紹介されています。