クスコの治安は悪くないと思います。

リマ（旧市街付近）と違い、クスコの治安は悪くないと思えます。
ホテルクラスが不明なので回答できないですが、歩き方見て適当に決めてもいいと思います。

クスコは半日でもそれなりに観光して楽しめますが、厄介なのはリマから着くと高山病の
症状で悩まされるかもしれません。

今年ＧＷに、僕はリマ到着して、すぐにバスでオリャンタイタンボへ、そこから鉄道で
その日の内にアグアスカリエンテスへ行きました。このルートは高山病の症状がでることなく
旅ができるので、僕的にはお勧めです。